LEGO® Marvel ™ Super Heroes përmban një histori origjinale që përshkon të gjithë Universin Marvel. Lojtarët marrin kontrollin e Iron Man, Spider-Man, the Hulk, Captain America, Wolverine dhe shumë personazheve të tjerë të Marvel ndërsa bashkohen për të ndaluar Loki dhe një mori horrash të tjerë të Marvel që të mbledhin një super-armë të aftë për të shkatërruar botën. Lojtarët do të ndjekin tullat kozmike ndërsa udhëtojnë nëpër LEGO Manhattan dhe do të vizitojnë vendet kryesore nga Universi Marvel, të tilla si Stark Tower, Asteroid M, një bazë Hydra dhe X-Mansion.